（一）办公室。负责机关日常工作，承担文秘、宣传、保密、信访、督查、政务公开、机关党建、党风廉政建设、意识形态、人事教育、群团等工作。
（二）待遇保障和医药服务科。拟订全市医疗保险、生育保险、医疗救助等医疗保障的政策制度并组织实施，建立健全医疗保障关系转移接续制度，完善异地就医管理和费用结算平台。组织实施城乡统一的药品、医用耗材、医疗服务项目、医疗服务设施等医保目录和支付标准，建立动态调整机制，制定医保目录准入谈判规则并组织实施。组织推进医保支付方式改革。拟订定点医药机构医保协议和支付管理、异地就医管理办法和结算政策。牵头承担医疗保障扶贫工作。
（三）医药价格和招标采购科。依据上级授权，拟订药品、医用耗材价格和医疗服务项目、医疗服务设施收费等政策并组织实施，建立价格信息监测和信息发布制度。依据上级授权，拟订药品、医用耗材的招标采购、配送及结算管理政策并监督实施，推进招标采购平台建设。
（四）基金监管和规划财务科。建立健全医疗保障基金安全防控机制，监督管理医疗保障基金，负责医疗保障基金的划拨。监督管理纳入医保支付范围的医疗服务行为和医疗费用，规范医保经办业务，依法查处医疗保障领域违法违规行为。承担机关和直属单位预决算、机关财务、资产管理、内部审计、政策法规工作。承担医疗保障信息的统计分析工作，推进医疗保障信息化建设。
保山市医疗保障局所属事业单位1个：保山市医疗保险服务中心。
单位名称：保山市医疗保险服务中心（加挂“保山市医疗保障基金运行监测评估中心”牌子）
主管部门：保山市医疗保障局
单位类别：公益一类（参照公务员法管理）
经费渠道：财政全额拨款
内设机构：综合科、信息科、审核科、稽核科、结算科、基金财务科、参保经办科、医药考评科、城乡居民保险科、护理保险科、基金运行监测评估科。
主要职责：承担市本级城镇职工、离休干部、生育保险、长期护理保险、医疗救助等经办服务工作。承担全市医疗保险异地费用结算经办服务工作。（保山市医疗保障基金运行监测评估中心主要职责：承担全市医疗保障信息资源开发、数据监测、统计分析及安全评估工作；对全市定点医药机构及其他组织涉及医疗保障基金的有关情况进行网络监控，核实危害医保基金安全的违规违法行为；负责全市医保电子凭证推广运用和服务工作；承担全市医疗保障数据信息系统的建设、运维和指导工作。）
