（一）办公室。负责文秘、档案、信访、机要、接待和行业电子政务、政府采购等机关日常运转工作。负责组织重要会议，起草审核重要报告及综合性文件。负责办理人大代表建议和政协委员提案工作。负责统筹行业国家安全、禁毒防艾及精神文明、文化建设、意识形态、爱国卫生等工作。组织开展重大事项和重点工作的督查督办、跟踪问效。负责交通行业的宣传和信息工作做好政务信息公开，建立综合信息数据库。负责机关后勤管理、实物资产管理、内部安全保卫、公共卫生监督和对外综合协调工作。负责局机关计算机网络管理维护、信息网站建设维护、办公自动化建设管理等信息化建设。

（二）政策法规和行政审批科。指导行业法治建设。组织起草相关规范性文件，承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，组织行政规范性文件备案，负责法律顾问、行政复议和行政应诉等有关法律事务。承担综合交通运输体制改革工作，指导协调行业有关改革工作。指导交通运输综合行政执法和队伍建设工作，负责行业执法监督。组织开展执法评议工作，负责交通行政执法培训和行政执法资格管理工作。负责拟订行政审批有关制度、办法和工作规则并组织实施。组织行政审批事项在政务窗口集中受理、分类转办和统计分析工作。负责行业环境保护、行业信用体系建设、行业科技相关工作。

（三）综合规划科。组织拟订综合交通运输发展战略、政策措施、体系专项规划，承担有关协调工作。统筹衔接公路、铁路、水路、民航和邮政专项规划并提出草案，负责上报或出具有关规划和建设项目的意见。指导综合交通运输枢纽规划。参与拟订物流业发展战略和规划，提出有关标准。综合、平衡、编制上报和下达公路建设、公路养护、内河整治、公路工程科研项目以及交通扶贫等年度计划并监督执行。负责公路建设项目可行性研究的审查上报并出具行业意见。负责重大建设项目的前期储备工作。负责提出固定资产投资规模、方向和财政性资金安排建议并监督实施，按照规定权限审批、核准公路、铁路、水路、民航固定资产投资项目，负责招商引资。负责综合交通运输统计工作，监测分析交通运输运行情况，发布有关信息。负责组织交通乡村振兴、定点扶贫和对外合作交流有关事务。统筹协调交通战备相关工作。

（四）综合运输科。负责拟订综合运输发展计划、制度、基本公共服务标准和运营规范的实施意见并监督实施，编制综合运输体系规划。指导规范运输市场秩序。指导综合交通运输枢纽管理，协调各种运输方式衔接。指导运输线路、营运车辆、运输站场等管理工作。监督经营性机动车营运安全标准执行。指导车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作。指导公共汽车、出租汽车、汽车租赁工作。负责权限范围内国际道路运输、省际运输事务有关管理工作。按照规定承担交通运输领域物流市场有关管理工作。指导全市公共交通运输市场监督管理工作，组织保山中心城市公共交通发展规划、工作计划编制并督促实施，指导城市公共交通发展规划、工作计划编制并督促实施，制定符合本地城乡道路运输发展相关制度、标准、运营规范实施意见和细则并实施考核，促进全市城乡交通运输一体化发展。

（五）综合建设科。负责公路、铁路、水路、民航基础设施建设管理和质量监督的行业管理，贯彻执行国家、省有关法律法规、标准规范。组织制定本市交通基本建设的实施细则、制度办法。负责交通基本建设市场监管，指导县（市、区）交通基本建设管理。负责公路建设市场和重点基础设施建设项目招投标的管理工作。负责权限范围内的公路建设项目设计审批、施工许可和竣工验收工作。负责公路用地内设置公路以外的其他标志审批、公路行政许可、更新采伐护路林等行政许可事项。

（六）安全监督科。负责指导行业安全生产体系建设，指导、监督全市综合交通运输安全生产相关法律、法规、规章、规范性文件及标准的贯彻执行。依法组织、指导、协调、参与有关生产安全事故、事件的调查和处理。指导、督促综合交通运输安全生产应急体系建设。负责应急抢险、防灾减灾、自然灾害和重大突发事件处置的组织、协调和指导工作。负责统筹、监督、指导、参与综合交通运输安全生产监督管理工作；组织制定安全生产综合监管工作规章制度、工作方案、监督检查计划，并监督实施；组织制定安全生产目标责任书，并监督落实安全生产责任制；承担安全生产综合监管信息统计、分析和报送；受理和处置安全生产举报与投诉。统筹开展平安建设工作。配合协调大面积航班延误等处置及水上搜救应急工作。

（七）资财审计科。指导全市交通运输行业财务会计工作，拟订综合交通运输行业财务管理规章制度并监督实施，负责交通建设资金的管理、使用和监督，交通基础设施建设筹融资工作。负责汇总上报、审批部门预算、决算，专项资金预算、决算。承担局机关财务工作并指导局直属单位财务管理工作，负责审核局直属单位年度财务收支计划与报表。对全市交通运输行业各种专项资金进行跟踪问效。负责国家、省、市重点基本建设项目的绩效监督和管理工作。负责内部审计工作。

（八）公路管理科。负责公路管理、养护行业管理。负责公路养护市场监管工作。负责路域环境整治、服务区整治改造工作。负责公路标志标线管理工作。监测和协调公路网运行。负责组织灾毁抢修保通，监督公路灾害防治及恢复工程的实施。指导超限超载运输管理。参与道路运输市场监督管理。指导农村公路工作负责“四好农村路”工作。指导开展超限运输许可办理。负责指导地方高速公路管理养护并组织开展评价工作。

（九）地方铁路建设科。编制铁路专项规划，提出年度计划建议。协调配合做好在建铁路的征地拆迁工作。根据国家铁路规划和建设，统筹做好火车站场等配套设施规划建设工作，做好铁路与其他交通方式的相互衔接。负责全市城市轨道交通规划项目前期及建设管理工作。做好地方铁路工程建设的监督管理。指导地方铁路运输市场监管，协调铁路运输工作。协调垂直管理的铁路涉及地方的有关工作。

（十）海事航务科。贯彻执行国家、省、市水运市场管理、通航管理、航道管理、港口（码头）管理、船舶管理、船员管理等法律、法规、规章、标准、规范及方针政策。负责港口（码头）的规划建设及水路运输行业管理。负责通航管理、通航水域认定、航道养护管理及水上交通管制。配合水运工程建设的监督管理负责对港口（码头）的监督管理。负责营运船舶的登记、检验监督管理工作。负责船员管理有关工作，组织辖区内船员基本安全技能、特殊技能和二、三类船员（含船长、轮机长）的适任资格培训、考试、发证管理。指导开展渔船检验工作。

（十一）地方民航发展科。承担全市民航发展管理工作，组织研究民航发展重大课题和规划并提出意见建议。编制民航专项规划，提出年度计划建议。协调民用航空项目前期工作。推进机场民航基础设施建设。拟订净空保护规划并按规划推进落实。监督指导全市机场工程建设及机场运行业务管理。协调空域资源开发利用，协调民航突发事件应急和重大、特殊、紧急航空运输任务及航空抢险救灾等工作。服务国际、国内、省内航线开发，提出航线开发的措施建议，积极推进开通各类国际、地区航线。协调垂直管理的民航涉及地方的有关工作。

（十二）组织人事科。负责干部人事、机构编制、劳动保障、行业干部教育培训、离退休干部服务管理和群团工作。指导交通运输行业人才队伍建设。组织做好交通工程专业技术职称评审相关工作。组织协调有关重大教育培训项目申报。承担有关智力引进和对外劳务合作工作。

机关党委。负责指导局属各党组织的基层党建工作。承担局党组落实全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作的日常任务，负责党员干部的日常教育监督管理。对所属单位相关经济活动进行监督，针对存在问题提出改进管理、完善内部控制制度的建议，纠正、处理违反财经法规行为的意见。